Die Klassifikation gilt für Substanzen, nicht für Handelspräparate. Aktuell ist die Version 13, in Deutschland eine gemäß dem Fünften Buch Sozialgesetzbuch (SGB V) adaptierte Version ATC/DDD – DIMDI (2004), die zusätzlich pflanzliche Substanzen enthält. Die meisten kommerziell vertriebenen Arzneimittel-Verzeichnisse und -Kataloge sind (neben der Pharmazentralnummer) auch nach dem ATC-Index der Einzelstoffe geordnet.

Die ATC-Klassifikation enthält 5 Ebenen.

• Auf der ersten Ebene gibt es 14 Hauptgruppen, die sich nach dem Organ (zum Beispiel Herz) oder System (zum Beispiel Blutkreislauf) richten, auf die der Arzneistoff seine Hauptwirkung entfaltet.
• die zweite und dritte Ebene sind Therapiegruppen beziehungsweise -untergruppen.
• die vierte und fünfte Ebene sind nach der chemischen Struktur geordnet.

Beispiel: Der ATC-Code B01AC06 steht für alle Arzneimittel mit dem solitären Wirkstoff Acetylsalicylsäure.

1. Buchstabe: B - steht für die Gruppe von Stoffen, die „Blut und blutbildende Organe“ beeinflussen.

2. Zahl: 01 - steht für die Subgruppe „Antithrombotische Arzneimittel“.

3. Buchstabe: A - steht für die Subgruppe „Antithrombotische Arzneimittel“. Dass diese Sub-Subgruppe genau so heißt wie die Subgruppe vorher (das 2. Level), ist nicht überall so. Die Antithrombotischen Mittel lassen sich einfach nicht feiner subgruppieren.

4. Buchstabe: C - steht für „Thrombozytenaggregationshemmer, excl. Heparin“.

5. Zahl: 06 - steht für den Wirkstoff Acetylsalicylsäure.