Die GDT-Schnittstelle soll zur systemunabhängigen Datenübertragung zwischen medizinischen Messgeräten oder externen Programmen und der Praxis-Software dienen.Ihre Spezifikationen werden vom Qualitätsring Medizinische Software verabschiedet. Die Datenübertragung erfolgt über Dateien, serielle Schnittstellen oder direkte Programm-Programm-Kommunikation.
Typischerweise wird vom anfordernden System (Praxisprogramm) eine GDT-IN Datei geschrieben, die in festgelegten Feldern z. B. die Patientenstammdaten enthält. Das Zielprogramm (z. B. EKG-Software) liest diese Datei ein und stellt die übergebenen Daten zur Weiterverarbeitung bereit. Somit entfällt z. B. eine erneute Eingabe der Patienten-Stammdaten und dadurch auch die Vermeidung von Falscheingaben. Das System schreibt nach erfolgter Anzeige oder Bearbeitung eine GDT-OUT Datei, welche vom anfordernden System meist automatisch eingelesen wird. Üblicherweise erscheint in der Patientenakte nun der Hinweis, dass externe Daten vorhanden sind.
Mit dieser Technik können z. B. "papierlose" Arztpraxen aus dem Praxisprogramm direkt Untersuchungsdaten von externen Programmen (EKG, Scans, Lungenfunktion, Langzeitlutdruck usw.) am Bildschirm anzeigen. Der sonst übliche Papierausdruck ist nicht mehr nötig.